Le 7 octobre 1939, pour installer la paix sociale Edouard Daladier organise une rencontre entre le patronat et la CGT qui débouche sur la signature d’un protocole connu sous le nom «d’accords Majestic».
Le 10 mai 1940 les troupes du Reich ouvrent les hostilités.
L’effondrement militaire français est complet. Philippe Pétain, qui souhaite l’armistice, s’impose et devient, en juin 1940, le nouveau chef du Gouvernement.
L’Assemblée Nationale donne tous pouvoirs au gouvernement, la IIIe République s’est suicidée.
Dans la débâcle générale, Léon Jouhaux cherche à sauvegarder l’organisation. Le 20 Juillet 1940, une modification des statuts entraîne l’abandon de toute référence à la lutte de classe et assigne dorénavant pour but à la CGT de participer «à la prospérité nationale» sur la base « collaboration loyale de toutes les forces de production»…
Mais le 19 novembre 1940 le gouvernement de Vichy dissout les confédérations syndicales ouvrières et patronales. Fédérations comme unions départementales et locales continuent péniblement d’exister.
Le 26 octobre 1941, le régime promulgue la Charte du travail qui instaure des corporations par branche favorisant l’entente entre patrons et ouvriers. Elle autorise ainsi Vichy à fixer les prix et les salaires.
La charte confirme la dissolution des syndicats, interdit la grève et prévoit la création des comités sociaux d’entreprises mais exclut toute immixtion dans le conduite et la gestion des entreprises, les employeurs composant et organisant à leur guise ces comités, surnommés «comités patates» …
Dès l’automne 1940, plusieurs dirigeants syndicaux marquent publiquement leurs distances avec Vichy. Un manifeste du syndicalisme français, cosigné par 12 syndicalistes ( 9 CGT, 3 CFTC), dénonce alors ceux qui « ne respectent plus les véritables principes du syndicalisme».
De leur côté, Benoît Frachon et quelques autres « unitaires » qui avaient échappé à la police reprennent le travail clandestin par la publication et la diffusion d’une presse syndicale clandestine principalement « La Vie Ouvrière ». Trois membres du bureau confédéral de l’ex- CGT participent à la fondation du mouvement de Libération Nord.
Des réseaux de renseignements ou de sabotages sont créés.
Parallèlement, des comités populaires d’usine sont mis en place au pour combattre l’influence des syndicats ralliés à Vichy.
L’occupant nazi et la police Vichyste s’en alerte. Le 5 octobre 1940, 63 anciens responsables syndicaux sont arrêtés, dont la plupart sont fusillés à Châteaubriant en 1941…